Šest je pokrajnjih ili pobočnih oltara. Razvedeniji i bogatiji su u apsidama poprečne lađe (transepta), a dva jednostavnija u kapelama kojima završavaju bočne lađe. U sjevernoj apsidi je oltar sv. Ilije Proroka, zaštitnika đakovačkog (bosnskog) dijela biskupije. Modele triju kipova dao je Georg Feuerstein koji je tada djelovao u Rimu, a izveo ih je bečki kipar Josef Philipp. Monumentalni kip Ilije Proroka zauzima središnji prostor retabla. Po izraženoj snazi i veličini nadilazi zadani arhitektonski okvir. Lijevo i desno od Ilije su kipovi sv. Ireneja i sv. Pavla. Također su dinamični, ali manjih dimenzija i potisnuti u bočni prostor. Kipove za oltar u južnoj apsidi radio je Vatroslav Donegani. U središnjoj oltarnoj niši je sv. Dimitrije, srijemski đakon i mučenik, patrona srijemskog dijela biskupije. Prikazan je u "solunskoj tradiciji", kao vojnik u rimskoj časničkoj odori, sa znakom mučeništva: palminom grančicom u ruci. Lijevo i desno od njega, u manjem prostoru su sv. Juraj, mučenik i sveti Ivan Kapsitranski, franjevac, zaslužan u borbi protiv Turaka u Srijemu i Slavoniji. Oba ova oltara su arhitektonski identična i položajem simetrična. Iako su Feuersteinovi kipovi dinamičniji od Doneganijevih, oltar sv. Dimitrija se svojom suzdržanošću bolje uklapa unutar apsidalnog prostora. Drugi par oltara u poprečnoj lađi postavljen je uz zapadni zid, lijevo i desno od glavnog žrtvenika. Projektirao ih je arhitekt Friedrich Schmidt, a kipove za njih klesao je Vatroslav Donegani. Arhitektonski i dekorativno su međusobno vrlo bliski. I ovdje su retabli trodijelni, a baldahini ispod trokutnih zabata, koji natkriljuju kipove, plići. S desne, sjeverne strane je oltar Majke Božje. U središnjem prostoru je Bogorodica s krunom na glavi, malim Isusom na ljevici i s jabukom u desnici. Uz nju su, u prostorima zdesna i slijeva, manji kipovi anđela: jedan s citrom, drugi s tamburom. Par ovom oltaru, na lijevoj, južnoj strani je oltar sv. Josipa, zaručnika Blažene Djevice Marije. Njegov kip s dvanastogodišnjim Isusom, u središnjem je prostoru retabla, a uz njega su, u bočnim nišama, kipovi sv. Katarine, djevice i mučenice i sv. Cecilije, djevice i mučenice. Treći par oltara nalazi se u dvjema kapelama kojima završavaju bočne lađe. Nacrte za njih izradio je također Friedrich Schmidt, a kipove Vatroslav Donegani. U retablima su plitke niše, natkrivene trokutastim zabatom, trolisno rastvorene, podržavane polustupovima. Dekoracija je i ovdje gotička. U desnom oltaru je kip sv. Ivana Nepomuka, a u lijevom su slavenski apostoli i europski suzaštitnici, sveta braća Ćiril i Metod. I tu je doticaj s poviješću biskupije, jer je Metod bio srijemski nadbiskup i metropolit pa su, na taj način, đakovački biskupi Metodovi nasljednici.