Arhitektonski je posebno istaknut, 15 metara visoki, četverostrani ciborij glavnog oltara, koji nose četiri klesana mramorna stupa. Svaka stranica ciborija ukrašena je klesanim i pozlaćenim ornamentima i izražajnim medaljonom jednog od četvorice zapadnih crkvenih otaca: sv. Grgura Velikog, sv. Ambrozija, sv. Augustina i sv. Jeronima. Nad velikim ciborijem (baldahinom) je manji svod pod kojim je kip katedralnog patrona sv. Petra apostola. Sve zaključuje veliki križ, okružen kamenim kipovima četvorice anđela. Na svakom uglu ciborija jedan je od četvorice evanđelista. I ova kompozicija ima svoju poruku: oltar (Krist) je temelj na kojem zajednicu vjernika (Crkvu) izgrađuju evanđelisti i njihovi tumači (crkveni oci), vodeći je k spasenju (po križu) u vječnost (anđeli). Začetnik oltara je Karlo R(sner, a dovršio ga je, uz mnoge Strossmayerove sugestije, arhitekt Friedrich Schmidt. Medaljone i kipove radio je Vatroslav Donegani.